ggstatsplotパッケージについて

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ggstatsplotパッケージが出たとのことで少しだけ使ってみた記録です。使い方は以下のリンクより。

https://github.com/IndrajeetPatil/ggstatsplot

ggbetweenstats

群間差の比較のためのバイオリンプロットを出すときに使えます。

library(ggplot2)
library(ggstatsplot)
p1 <- ggbetweenstats(data=iris,
               x=Species,
               y=Sepal.Length,
               k=3
)
p1

plot1

こんな感じで，検定結果とプロットを一括でやってくれます。便利。 いろいろと細かな設定もできるようです。 

p2 <- ggbetweenstats(data=iris,
                     x=Species,
                     y=Sepal.Length,
                     k=2 , #検定結果の小数をどこまで表示するか
                     title="Distribution of sepal length across Iris species",
                     plot.type="box", # デフォルトはboxviolin，片方だけにもできる
                     pairwise.comparisons = F, #多重比較を表示しないこともできる
                     effsize.type = "biased", #効果量を偏イータにしたければbiase
                     results.subtitle = F, # FALSEにすると検定結果をサブタイトルから消せる
                     bf.message = F) # したの方にあるベイズファクターの表示の有無
p2

plot2

ggscatterstats

散布図＋ヒストグラムに無相関の検定を合わせて出力するようです。

p3 <- ggscatterstats(
  data = msleep,
  x = sleep_rem,
  y = awake,
  xlab = "REM sleep (in hours)",
  ylab = "Amount of time spent awake (in hours)",
  title = "Understanding mammalian sleep",
  messages = FALSE
)
p3
plot3

平均（や中央値）の線を引いたり，特定の値を上回る場合にラベルをつけたりできるみたいです。

p4 <- ggscatterstats(
  data = msleep,
  x = sleep_rem,
  y = awake,
  xlab = "REM sleep (in hours)",
  ylab = "Amount of time spent awake (in hours)",
  title = "Understanding mammalian sleep",
  messages = FALSE,
  centrality.parameter = "mean", #平均値を引く
  marginal.type = "density", #ヒストグラムの代わりに密度
  label.var= "name", # 各点のラベルとして設定する列名
  label.expression = "sleep_rem>6" # ラベルをつける基準
)
p4

plot4

まだまだ他にも機能はたくさんあるのですが，とりあえず試したものだけ。